Атлас U21

В сезоне играет среди молодёжных составов клубов Лиги MX — соперники здесь те же, что и у основной команды: Толука U21, Монтеррей U21, Крус Асуль U21, Пачука U21. Это официальная молодёжная структура «Атласа» из Гвадалахары, встроенная в систему клубного футбола, а не любительский набор.

Из более поздних воспитанников — Франко Буганс, выступавший за молодёжный состав в сезонах 2022–2023 годов и позже перешедший в «Тлашкалу».

Титулов у команды немного, но каждый пришёлся на решающий момент турнира. В Клаусуре-2019 «Атлас» дошёл до финала лиги Sub-20 и обыграл «Монтеррей» по сумме двух матчей — 4:2. Годом позже команда снова добралась до финальной стадии, на этот раз против «Гвадалахары», но турнир остановила пандемия, и чемпиона в тот год не назвали. Более ранний трофей, чемпионство в турнире фарм-команд, датирован 2010 годом.

Сезон 2026 года команда встречает под руководством Нико Санчеса.

Домашних матчей на отдельном стадионе клуб не проводит: молодёжный состав тренируется и играет на базе клуба в Гвадалахаре, тогда как основная команда «Атласа» выступает на стадионе «Акрон» в Сапопане — на стадионе «Халиско».